Hậu kỳ triều Đường và thời Ngũ Đại có chính cục hỗn loạn, chiến tranh không dứt, khiến cho Nho học suy thoái, rất nhiều sĩ nhân và bách tính nối tiếp nhau tìm sự an ủi trong tôn giáo. Chính sách tôn giáo từ thời trung Đường vẫn được tiếp nối, tức xu hướng sùng Đạo biếm Phật (xem trọng Đạo giáo và đè nén Phật giáo), song Phật giáo ở phương nam dần phát triển sâu rộng. Các triều Ngũ Đại thi hành chính sách hạn chế việc ban thưởng cho các danh tăng và số lượng tăng nhân nhằm hạn chế Phật giáo; song các nước phương nam tôn sùng Phật giáo, không tiến hành cưỡng chế hạn chế, song lấy việc Hán hóa Thiền tông làm chủ đạo. Đạo giáo chịu hạn chế tương đối ít vào thời Ngũ Đại Thập Quốc, rất nhiều hoàng đế Ngũ Đại tôn sùng Đạo giáo, khiến cho Đạo giáo tương đối hưng thịnh. Tuy nhiên, trong dân gian thì ảnh hưởng của Phật giáo vẫn vượt trên Đạo giáo.[tham 68][tham 69]

Sau Hội Xương pháp nan (840-846), chỉ có Thiền Tông Nam tông dần hưng thịnh, đồng thời từ hậu kỳ triều Đường lại bắt đầu phân thành 5 tông phái. Thiền tông sau Nam Đốn Bắc Tiệm phân thành Bắc tông Thần Tú và Nam tông Huệ Năng. Huệ Năng chủ trương "đốn ngộ", "kiến tính thành Phật", sau được lưu truyền rộng rãi ở Nam Thiên Lĩnh Nam. Đệ tử của Huệ Năng là Thần Hội về Lạc Dương ở phương bắc, trong "Minh Định Nam Bắc Tổng Thị Phi Đại hội" lại đánh bại Bắc tông, khiến Thiền tông Nam tông trở thành chủ lưu của Thiền tông Trung Hoa. Tuy nhiên, Thiền tông Nam tông sau phân thành Hà Trạch tông Thần Hội, Thanh Nguyên tông Hành Tư và Nam Nhạc tông Hoài Thượng. Nam Nhạc tông đến thời Bách Trượng Hoài Hải, các đệ tử là Linh Hựu và Huệ Tịch sáng kiến Quy Ngưỡng tông, trong thời Ngũ Đại rất phát triển, song sang thời Bắc Tống thì mất. Đệ tử của Bách Trượng Hoài Hải là Hi Vận và Nghĩa Huyền sáng kiến Lâm Tế tông, sang thời Bắc Tống thì trở thành lưu phái Thiền tông phát triển nhất. Văn Yển sáng lập Vân Môn tông, tư tưởng của ông có thể khái quát bằng ba câu: "Hàm cái càn khôn câu, tiệt đoạn chúng lưu câu, tùy ba trục lãng câu". Văn Ích khai sáng Pháp Nhãn tông, nhận định rằng "tam giới duy tâm, vạn vật duy thức", do vậy chủ trương "bất trước tha cầu, tận do tâm tạo". Thanh Nguyên tông đến thời Tào Sơn Bản Tịch sáng kiến Tào Động tông. Phật giáo thời Đường mạt và Ngũ Đại hình thành cục diện "ngũ tông thất phái", tức Quy Ngưỡng tông, Lâm Tế tông, Vân Môn tông, Pháp Nhãn tông, Tào Động tông; cộng thêm môn hạ của Lâm Tế phân xuất thành hai phái Hoàng Long và Dương Kỳ. Tuy nhiên, Thiền tông đến hậu kỳ quá độ khai triển "đốn ngộ", thay thế chủ nghĩa hình thức và thần bí, thậm chí xuất hiện việc "ha Phật mạ Tổ". Khiến Phật giáo đi theo hướng thế tục hóa, giải thể hóa chế độ.[tham 68][tham 69]

Các tông phái khác sau Hội Xương pháp nan phần lớn đều suy vong, điển tịch của Thiên Thai tông, Duy Thức tông bị mất. Thời Ngũ Đại Thập Quốc, Hoàng đế nước Ngô đón mời Đế Quan (諦觀) người Cao Ly đem theo điển tịch Thiên Thai tông, Đế Quan soạn "Tứ Giáo Nghi" (四教儀), khiến Thiên Thai phục hưng. Tịnh độ tông vốn chỉ truyền bá trong dân gian thì nay đồng thời cũng truyền hướng vào tầng lớp thượng lưu, đến các kẻ sĩ, đến hậu kỳ thì dung hợp với Thiền tông, từng có trào lưu "Thiền Tịnh nhất trí". Vào thời Hậu Chu, lại phát sinh phong trào bài Phật đại quy mô, Hậu Chu Thế Tông đối xử khinh suất với các sư tăng, bắt nộp thuế, thực hiện binh dịch, đãi bỏ tăng ni, gọi chung là "Tam Vũ Nhất Tông". Do vậy, Phật giáo ở phương bắc ngày càng suy lạc, song Phật giáo ở phương nam vẫn tiếp tục phát triển.[tham 68][tham 69]

Đạo giáo vào cuối thời Đường và thời Ngũ Đại Thập Quốc rất phát triển, Ngoại Đan đạo dần hướng vào Nội Đan đạo. Thời Ngũ Đại Thập Quốc, có không ít quân vương sùng Đạo giáo, như Hậu Chu Thế Tông tiến hành "ức Phật dương Đạo". Do vậy, Đạo giáo vào thời Ngũ Đại được các quân vương trợ giúp, tình trạng thịnh hành tiếp tục duy trì đến triều Tống, trở thành cơ sở cho thời kỳ đỉnh cao của Đạo giáo vào thời Tống. Các đạo sĩ có danh tiếng vào thời Ngũ Đại Thập Quốc có thể kể đến Đỗ Quang Đình, Đàm Tiễu, Bành Hiểu, Đàm Tử Hà, Lưu Hải. Đỗ Quang Đình chủ trương "dĩ Đạo vi bổn", "nạp Nho, Phật nhập Đạo", với các tác phẩm nổi tiếng như "Đạo đức chân kinh quảng thắng nghĩa", "Thường thanh tĩnh kinh trụ". Ông chủ trương người tu đạo đều cần "dựa nguyên khí mà thành", phương pháp của ông là "an thần khứ dục, bảo thủ tam nguyên". Ông kế thừa tác pháp của đạo sĩ Ngô Quân thời Đường Huyền Tông, nhận định tam giáo nên dung hợp không khác biệt. Đạo Thanh Tịnh của Đỗ Quang Đình có thể nói là một đại biểu điển hình cho việc Đạo giáo dung hợp Nho giáo và Phật giáo. Ngoài ra, ông còn giúp hai phái Mao Sơn tông và Thiên Sư đạo tiến hành nghi thức trai tiếu thống nhất, đồng thời tăng thêm quy phạm và chế độ hóa, được Đạo giáo hậu thế sử dụng rộng rãi.[tham 68][tham 69] Đàm Tiễu từ nhỏ đã thích Hoàng Lão đạo, Chư Tử và Liệt Tiên truyện, quyết chí tu đạo học tiên. Ông là bậc anh tài về thuật tịch cốc dưỡng khí, tác phẩm có "Hóa thư", "Đàm Tử hóa thư", cho rằng vạn sự vạn vật đều có nguồn gốc từ "hư", "hư hóa thần, thần hóa khí, khí hóa hình", sau lại trở về hư, biến đổi vô cùng. Tác phẩm của Bành Hiểu có "Chu dịch tham đồng khiết phương thông chân nghĩa"; cả hai người đều có sức ảnh hưởng tương đối.[tham 68][tham 69]

Các tôn giáo khác như Mani giáo, Cảnh giáo, hay Hỏa giáo cũng vì Hội Xương pháp nan mà phần nhiều suy thoái, trong đó Mai giáo chuyển hướng sang hoạt động ngầm. Sau khi Mani giáo trở thành một tôn giáo bí mật trong dân gian, nhiều khi trở thành cơ sở trong việc tập hợp lực lượng của các cuộc khởi nghĩa nông dân. Ví dụ như vào năm 920, tức thời Hậu Lương, Vô Ất cùng Đổng Ất và những người khác tại Trần châu đã lợi dụng Mani giáo để khởi sự. Hồi giáo không bị ngăn cấm sau Hội Xương pháp nan, tín đồ chủ yếu là ngoại kiều- hậu duệ của thương nhân Ả Rập, Ba Tư sinh sống ở ven biển, phần lớn họ đều tiếp thu tín ngưỡng của bậc cha chú. Các dân tộc ở vùng Tây Vực cũng vì Hồi giáo truyền bá về phía đông mà từ bỏ Mani giáo, Cảnh giáo, Hỏa giáo, Shaman giáo truyền thống, trở thành người Hồi giáo.[tham 68][tham 69]